Per orientarsi nel Sistema Intestinale, uno dei primi ostacoli è il linguaggio. Termini come flora batterica sono entrati da tempo nell’uso comune e vengono spesso utilizzati per indicare in modo generico l’insieme dei microrganismi intestinali. Si tratta però di un’espressione storica, nata in un periodo in cui i batteri venivano assimilati al mondo vegetale. Oggi sappiamo che questa rappresentazione è imprecisa e rischia di semplificare eccessivamente una realtà biologica molto più articolata.
Il termine corretto è microbiota. Con questa parola si indica l’insieme dei microrganismi che vivono stabilmente nell’intestino, non solo batteri ma anche virus, funghi e archei. Questa comunità è composta da batteri e altri microrganismi intestinali, che differiscono per funzioni, metabolismo e modalità di interazione con l’organismo ospite. Parlare di microbiota permette di descrivere l’intestino come un ecosistema dinamico, in cui le diverse popolazioni convivono, competono e collaborano, influenzando numerose funzioni dell’organismo.
La confusione aumenta quando il termine microbiota viene sovrapposto a quello di microbioma. Sebbene spesso usati come sinonimi, descrivono due livelli distinti della stessa realtà. Il microbiota indica la comunità di microrganismi in quanto tale; il microbioma fa riferimento al patrimonio genetico complessivo espresso da quella comunità. Questa distinzione aiuta a capire perché l’interazione tra microrganismi e organismo umano non dipenda solo da “chi c’è”, ma anche da quali funzioni vengono attivate.
Quando si parla di salute intestinale, il punto centrale non è la presenza o l’assenza di singoli microrganismi, ma l’equilibrio complessivo dell’ecosistema. In ambito medico questo equilibrio e la sua alterazione vengono descritti attraverso il concetto di eubiosi e disbiosi. Non si tratta di stati fissi né di categorie rigide, ma di condizioni dinamiche che riflettono il funzionamento dell’insieme. Concentrarsi su singoli ceppi senza considerare questo assetto generale porta spesso a interpretazioni fuorvianti.
Usare il termine microbiota, al posto di flora batterica, non è quindi una scelta formale ma un cambio di prospettiva. Significa riconoscere che ciò che accade nell’intestino dipende da un sistema complesso, composto da elementi diversi che agiscono in relazione tra loro. Senza questo inquadramento, anche concetti apparentemente semplici rischiano di essere letti in modo riduttivo.